Nagyatád történelmének kezdetét nem okiratokból ismerjük, hanem a településnév etimológiája által következtethetünk a keletkezésének idejére. Az elnevezés Atád alapszava, az Ata, személynévből származik. Forrása lehet a magyar ’atya’ főnév, de etimológiai értelmezés alapján kapcsolatban állhat az ótörök ata (=atya) szóval. A nyelvtudomány a személynév+d képzővel ellátott helységnevek keletkezését az Árpád-kor idejére helyezi.

A középkori írásmód szerinti Athad első írásos említése egy 1190. évi oklevélben szerepel. Akkoriban három Atád nevű település létezett Somogy vármegyében, azonban nem lehet egyértelműen beazonosítani, melyikkel kapcsolatos az okirat. A háromból kettő a mai Nagyatád területén helyezkedett el: Nagyatád (Naghathad)⁶, és Kisatád (Kysathad)⁶.  Nagyatád a mai város északi, északnyugati részén, Kisatád pedig ettől észak, északkeletre terül el. A település előtaggal való bővülése falukettőződés eredménye, azonban a középkorban hol egy, hol két helységként említették, illetve „Kétatád”-nak is nevezték. A harmadik Atádnak, Magyaratádnak, viszont névazonosságon kívül nem volt más kapcsolata „Kétatád”-dal.

A település a XIII. században a segesdi uradalom részeként a királyné birtokszervezetéhez tartozott. Segesd az Árpád-kor kezdetétől királyi, királynéi udvar ellátását biztosító udvarnokfalvak központja volt. Kezdetben hírnökök lakták, majd az 1300-as évekre hospesek telepedtek le a környéken. Atádtól keleti irányban található a Pongrác-birtok, ami akkortájt lakatlan volt, ezt kihasználva az atádiak jogtalanul elfoglalták.

Zsigmond király (1387–1437) uralkodása alatt a segesdi uradalomból kihasította Szabás, Ötvös, Nagy- és Kisatád falvakat, és Kővágóörsi Györgynek ajándékozta. Kővágóörsi birtokszerzeményei által az arisztokraták közé emelkedhetett, és utódai Magyarország egyik legnagyobb bárói családjává váltak, Batthyány néven. Atád késő középkori gazdasági felvirágzásához hozzájárult, hogy a Pongrác-birtok bekebelezésével átkelési lehetőséget biztosított, az akkoriban Nyárvízének nevezett Rinya patakon.  Az atádi vámot, ami elsősorban út-, másodsorban hídvám volt, Kővágóörsi egy évig szedhette, majd a király igényt tartott rá, és helyette Baráti területét ajándékozta a nemesnek. A vámszedés helyszínét akkoriban Athadrewe-nek nevezték. Ekkortájt Somogy megyében egy másik család tagjai, a Marcaliak, is kiemelkedtek a köznemesi rangból, és a XV. századra a megye teljhatalmú urai lettek. Egyre több összetűzésre került sor a két família között: az atádi vám Segesddel együtt a Marcaliak irányítása alá került. A hatalmaskodás következménye lehetett a falu felgyújtása 1443-ban.

A Hunyadiak korában a Batthyány család Atád feletti birtoklása szinte folyamatos volt. Mátyás király, tekintettel Batthyány Boldizsár munkásságáért, 1475. október 5-én vásártartási jogot adományozott Atádnak, miszerint szabad piacot, más néven éves vásárt, továbbá minden hét szerdáján szabad heti vásárt tartsanak. Ugyanazon szabadságjogokkal és kiváltságokkal ruházta fel, amelyekkel a többi szabad királyi város, mezőváros rendelkezett. Sokan a kiváltságlevélben leírtak alapján azt gondolják, hogy ez egyenértékű Atád városi rangra történő emelésével. Ez viszont téves feltevés, ugyanis Atád „csak” mezőváros jellegű faluként a környező települések között jelentett központi szerepet.

Az atádi egyház első említése a XIV. század első felében keletkezett pápai tizedjegyzékben fordul elő. Két Atádnak egyetlen parochiális egyháza, mai értelemben vett plébániája volt, amely rendelkezett egy filiával, a szomszédos baráti kápolnával. Szomszédságában állt a bodai (ma Bodvica) és henészi egyház. Az atádi templom, amelynek védőszentje Szent György volt, a török időkben annyira elpusztult, hogy az 1720-as években kezdődő újjáépítések idején már senki sem emlékezett a templom eredeti titulusára, így Szent Keresztként szentelték fel.  Egyes források szerint, Nagy- és Kisatádnak külön temploma volt a középkorban: a nagyatádi Szt. György templom a Prokop-dűlőben, és a kisatádi Szt. Mihály templom a Pusztaszentegyházi-dűlőben. A beköltöző ferencesek adhatták a Szent Mihály titulust a romtemplomnak.

A Batthányaknak feltehetően Atád területén nem volt kastélyuk vagy udvarházuk. Az 1500-as években Szabáson építettek egy kúriát és Ötvöskónyiban egy reneszánsz vadászkastélyt.